NGS-Ansatz zur Entdeckung von Varianten bei Riesen-Süßwassergarnelen
Deepak Agarwal; Aparna Chaudhari
Verlag Unser Wissen
2022
pokkari
Unter den gez chteten Krustentieren war die S wasser-Riesengarnele Macrobrachium rosenbergii bis vor kurzem eine der wichtigsten Arten mit hohem Handelswert. In letzter Zeit hat sie aufgrund von Krankheiten und dem unterschiedlichen Wachstum der M nnchen aufgrund der sozialen Hierarchie an Beliebtheit verloren. Die Art kann ihren fr heren bevorzugten Status wiedererlangen, wenn sie in Bezug auf Wachstum und Krankheitsresistenz genetisch verbessert wird. Die selektive Zucht wird durch die markergest tzte Selektion (MAS) erheblich erleichtert. Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) bieten die feinste Aufl sung, die f r eine Markerkarte m glich ist (eine einzelne Nukleotidver nderung), sind kodominant, bi-allelisch und in der Regel in Populationen mit niedriger Mutationsrate h ufig. Die DNA-Sequenzierung ber NGS-Plattformen gilt als der kosteng nstigste Ansatz. In dieser Studie wurde ein SNP-Mining in den transkribierten Sequenzen von M. rosenbergii durchgef hrt, die in GenBank, NCBI, verf gbar sind. Es wurden wilde Exemplare aus verschiedenen Gew ssern gesammelt. Es wurden Primer zur Amplifikation der kodierenden Sequenzen (CDS) entwickelt und die Amplikons auf GS-FLX 454 und Ion torrent Plattformen sequenziert. Es wurden 173 SNPs in den verschiedenen Populationen entdeckt. Dieser Ansatz zum Abbau von SNPs in gemeldeten Sequenzen wurde von uns zum ersten Mal verwendet.
